В 80-х годах прошлого столетия в юго-западной части г.Краснодара началась активная застройка нового жилого района «Юбилейный» на 60 тысяч жителей. В планах строителей православной церкви в районе не предусматривалось. Прошло время. Дома росли, заселялись жильцы, благоукрашался «Юбилейный»… Религиозная оттепель 80-х годов в России принесла свои плоды. Народ стал обращаться к вере, к Богу. Вот и в «Юбилейном» встретились несколько молодых семей для организации православной общины, с последующим обращением к Правящему Архиепископу благословить начинание.

С августа 1991 года православный приход был зарегистрирован, утвержден Устав деятельности объединения и открыт расчетный счет для сбора пожертвований на строительство храма в честь Рождества Христова.

По благословению Владыки Исидора было выбрано место под строительство храма на берегу реки Кубань и получено добро от руководства города на отвод земельного участка. Заниматься оформлением документации и строительством храма было поручено председателю приходского совета Игнатову А.А.

17 января 1992 г. состоялось подведение итогов конкурса на лучший проект храма Рождества Христова с помощью Краснодарского союза архитекторов РСФСР и городского отдела архитектуры. Лучшей конкурсной работой был признан проект краснодарских архитекторов Юрия и Петра Субботиных.

Событие закладки и освящения первого камня в основание будущего храма состоялось 10 мая 1992 года, которое совершил тогда еще архиепископ Екатеринодарский и Новороссийский Исидор, ныне митрополит Екатеринодарский и Кубанский.

В сослужении духовенства города и края при стечении тысяч мирян владыка освятил мраморную плиту с памятной гравировкой, которую положили в основание будущего престола Рождественского храма. Время шло, приход жил активной жизнью. Еще не было храма, но в соседнем помещении РЭП, а затем в районной библиотеке была открыта воскресная школа для детей и взрослых.

Продолжался сбор пожертвований на строительство храма, в котором приняли участие многие жители и организации города, края.

Местные власти выделили временное помещение для церкви – в пристройке дома по ул. Проспект Чекистов, 31. Силами Приходского совета помещение было оборудовано под храм.
С июля 1992 года во временном помещении начались регулярные воскресные и праздничные богослужения, были совершены первые Крещения, Венчания, Крестные ходы к строящемуся храму.

16 августа 1992 года на месте будущего храма Владыкой Исидором в сослужении духовенства была отслужена первая Божественная Литургия. В сентябре 1992 года в основание будущего храма были забиты первые сваи (всего 320), генподрядчиком которого выступило АО «Спецстрой». Два железнодорожных вагона были распилены и установлены на территории храма под будущую школу, которая и стала первым на Кубани православным общеобразовательным учреждением.

Первая литургия в храме была совершена 7 января 1995 года. Поднятие первого креста и купола над колокольней состоялось 23 ноября 1997 года. Поднятие и установка основного центрального купола состоялось 4 июля 1998 года.

Нижний храм имеет два придела: главный – в честь Святых Жен Мироносиц, освященный 22 марта 1998 года; правый, или южный – в честь всех Святых, в земле Российской просиявших, освященный 7 марта 1999 года. Оба престола освящались Высокопреосвященнейшим Исидором, митрополитом Екатеринодарским и Кубанским.

Верхний храм посвящен величайшему событию в истории человечества – 2000-му юбилею Рождества во плоти Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа. 2 января 2000 года Высокопреосвященнейший Владыка Исидор освятил верхний храм и отслужил Божественную Литургию.

В ночь с 6 на 7 января 2000 года в присутствии многочисленных прихожан в основном приделе храма состоялась первая литургия в праздник Рождества Христа Спасителя.

В 2017 году храму Рождества Христова исполнилось 25 лет со дня закладки и освящения места будущего храма.